課程名稱 |
基因體與系統生物學 Genome and Systems Biology |
開課學期 |
105-1 |
授課對象 |
生命科學院 基因體與系統生物學學位學程 |
授課教師 |
郭明良 |
課號 |
GenSys5004 |
課程識別碼 |
B48 U0120 |
班次 |
|
學分 |
4 |
全/半年 |
半年 |
必/選修 |
必修 |
上課時間 |
星期二6,7(13:20~15:10)星期四6,7(13:20~15:10) |
上課地點 |
生科3A生科3A |
備註 |
與鄭淑珍合開 總人數上限:40人 |
Ceiba 課程網頁 |
http://ceiba.ntu.edu.tw/1051GenSys5004_ |
課程簡介影片 |
|
核心能力關聯 |
核心能力與課程規劃關聯圖 |
課程大綱
|
為確保您我的權利,請尊重智慧財產權及不得非法影印
|
課程概述 |
本課程旨在介紹基因體生物學與系統生物學領域的重要基礎知識、觀念與研究工具,讓同學瞭解該領域必備的知識與各工具間的整合運用。課程的規劃分為三部份:第一部份以基因體生物學入手,介紹基因的運作模式與基因體的內涵,並引進基礎細胞生物學概念,以模式生物為實例,介紹功能性基因體學。第二部份則介紹如何進行大規模生物材料及其數據的收集和處理,含蓋蛋白質體修飾的動力學、蛋白質體學、 代謝體學 以及生物影像擷取與分析,強調實驗的研究方法與設計、統計分計、與分析結果的解讀及其在生物學的意義。第三部份在介紹統計學、化學動力學與計算生物學的概念與工具,強調如何分析以及整合數據來建立出計算模型或生物分子的動態網路。 |
課程目標 |
本課程旨在介紹基因體生物學與系統生物學領域的重要基礎知識、觀念與研究工具,讓同學瞭解該領域必備的知識與各工具間的整合運用 |
課程要求 |
大四(含)以上 |
預期每週課後學習時數 |
|
Office Hours |
|
指定閱讀 |
待補 |
參考書目 |
待補 |
評量方式 (僅供參考) |
|
週次 |
日期 |
單元主題 |
第1週 |
9/13, Tue |
張典顯 (地點:中研院基因體中心4樓會議室)
Definition, concepts, and scientific challenges
Mid-Autumn Festival |
第1週 |
9/15, Thu |
Holiday |
第2週 |
9/20, Tue |
張典顯 (地點:中研院基因體中心4樓會議室)
Yeast as a model system for modern scientific inquiries
|
第2週 |
9/22, Thu |
劉維中
Basic statistics (1) |
第3週 |
9/27, Tue |
丁照棣
Introduction to population genetics and molecular evolution |
第3週 |
9/29, Thu |
劉維中
Basic statistics (2) |
第4週 |
10/04, Tue |
丁照棣
DNA sequencing technologies/ Genomics and genome project |
第4週 |
10/06, Thu |
劉維中
Introduction to R programming (1) |
第5週 |
10/11, Tue |
丁照棣
Genomics and genome project |
第5週 |
10/13, Thu |
劉維中
Introduction to R programming (2) |
第6週 |
10/18, Tue |
丁照棣
Population Genomics |
第6週 |
10/20, Thu |
黃明經
Enrichment analysis and applications I |
第7週 |
10/25, Tue |
高承福
Chromatin modification and function |
第7週 |
10/27, Thu |
黃明經
Network analysis and applications II |
第8週 |
11/01, Tue |
高承福
The ENCODE (Encyclopedia of DNA Elements) project |
第8週 |
11/03, Thu |
黃明經
Bioinformatics databases/tools for systems biology I |
第9週 |
11/08,11/10 |
(Midterm week) |
第10週 |
11/15,11/17 |
蔡怡陞 (地點: 中研院跨領域大樓 B208)
Comparative genomics
蔡怡陞 (地點: 中研院跨領域大樓 B208)
Introduction to transcriptomics |
第11週 |
11/22,11/24 |
詹世鵬
Small non-coding RNAs
黃明經
Bioinformatics databases/tools for systems biology II (student presentation) |
第12週 |
11/29,12/01 |
李士傑
Introduction to transcriptomics
阮雪芬
Introduction to proteomics |
第13週 |
12/06,12/08 |
陳逸然
MS-Based Proteomics
許昭萍
Dynamics in systems (1) |
第14週 |
12/13,12/15 |
張英峯
Gel-based proteomics
許昭萍
Dynamics in systems (2) |
第15週 |
12/20,12/22 |
張英峯
Sub-proteome
許昭萍
Dynamics in systems (3) |
第16週 |
12/27,12/29 |
陳逸然
Bioinformatics in Proteomics
許昭萍
Modeling and simulation (1) |
第17週 |
1/03,1/05 |
徐駿森
Structural and Chemical Proteomics
許昭萍
Modeling and simulation (2) |
第18週 |
1/10,1/12 |
(Final Exam Week) |
|